Le CERN à l’attaque du Covid-19 avec Folding@home

Le CERN met à disposition du projet open source Folding@home une puissance de calcul de 2,4 exaflops pour lutter contre la pandémie de Covid-19.

Folding@home, une plateforme pour tous

Folding@home est une plateforme d’informatique distribuée dédiée à la modélisation de la dynamique moléculaire des protéines. Cette plateforme est disponible pour tous, chaque particulier peut donc donner des ressources informatiques inutilisée grâce à son installation domestique. Elle permet de contribuer à la réalisation de modélisations complexes de la manière dont les protéines se replient dans le contexte de diverses maladies. Cette plateforme est bien connue du CERN dont la plateforme LHC@home repose sur le même principe.

Le virus COVID-19, comme les autres virus, possède des protéines qui lui permettent d’affaiblir le système immunitaire de sa cellule hôte, en plus des protéines qu’il utilise pour son auto-réplication. La recherche soutenue par Folding@home permet de mieux comprendre ces protéines, une étape importante pour pouvoir concevoir un traitement susceptible d’inhiber leur fonctionnement.

La croissance du nombre d’utilisateurs

Ces dernières semaines, on a pu observer l’augmentation du nombre d’utilisateurs de cette solution open source, permettant d’atteindre une puissance de 2,5 exaflops. Cette puissance est comparable à 500 supercalculateurs les plus puissants au monde.

10 000 cœurs de processeurs supplémentaires issus de l’équipement du CERN dédié au projet Folding@home sont proposés par le CERN en plus des calculs directement réalisés par le site du LHC. Cette mise en œuvre est possible grâce à une autre technologie open source développée en partenariat avec le CERN : OpenStack.

« Les machines du Centre de calcul du CERN qui ont été mises à disposition devaient initialement être mises hors service, explique Jan van Eldik, chef de la section Approvisionnement en ressources (Resource Provisioning Services - RPS) du groupe Calcul et suivi (Compute and Monitoring - CM) au sein du département IT du CERN. Nous avons rapidement mis au point une procédure pour que des machines virtuelles exécutent Folding@home sur le nuage OpenStack du CERN avec ces machines. »

« Avec les expériences LHC, nous avons échangé des “recettes” similaires — pour optimiser la contribution des nœuds disponibles à Folding@home — avec des sites de calcul à travers toute la Grille de calcul mondiale pour le LHC (WLCG) », ajoute Simone Campana, chef du projet WLCG. Cela devrait faciliter les contributions des sites de calcul de la WLCG, dans le respect des accords en vigueur avec leurs organismes de financement.

« Open Science Grid, aux États-Unis, contribue également de manière importante au projet Folding@home », relève Ian Bird, chef du projet WLCG de 2008 à janvier 2020. Le CERN a également proposé ses services pour le support de l’infrastructure serveur de Folding@home, si besoin. »

Source : home.cern